Фамилия Барболин образована от личного прозвища или мирского имени Барболя. В основе этого имени лежит диалектное украинское слово «барболя» или «бараболя» — так в некоторых регионах Украины называют картофель. Скорее всего, прозвище дали человеку, который имел какое-то отношение к этой культуре: выращивал картофель, торговал им или же внешне чем-то напоминал клубень (например, круглой фигурой или приземистостью).

В народной традиции мирские имена, образованные от названий растений, давали детям с пожеланием, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему полезные качества. Считалось, что растение-покровитель будет оберегать и помогать в жизни. Поэтому имя Барболя могло быть не прозвищем взрослого человека, а именно охранительным именем для младенца.

Фамилия построена по стандартной русской модели на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Барболин, то есть сын Барболи, потомок человека по имени или прозвищу Барболя. Такая модель типична для фамилий, образованных от основ на -а/-я (ср. Путя — Путятин, Гаврила — Гаврилин).

Встречается ли фамилия за пределами русских и украинских территорий — данных нет. О сословной принадлежности носителей фамилии судить сложно: прозвище, связанное с картофелем, могло появиться в крестьянской среде, но необязательно — торговля овощами была распространена и среди мещан. Написание фамилии устойчивое, без вариантов, что говорит о её относительно позднем закреплении (не ранее XVII–XVIII веков, когда картофель начал распространяться в Российской империи).

Сравните с однокоренными фамилиями: Бараболин, Барабанов — они образованы от тех же диалектных корней, но с разными суффиксами, что подтверждает региональное разнообразие прозвищ, связанных с картофелем.