Фамилия Бардагов — редкий пример, где за привычным русским суффиксом -ов скрывается не славянская, а сибирская основа. Скорее всего, фамилию образовали от прозвища Бардаг, а оно восходит к эвенкийскому слову «бардагон» или «бардаг». В переводе с языка коренных народов Восточной Сибири это означает «болота, гуща» — так могли назвать человека, жившего в сырой, топкой местности. Если эта версия верна, первые носители фамилии происходили из районов, где были распространены эвенки: Забайкалье, Приамурье, Якутия.

Прозвище Бардаг может иметь и совсем другое происхождение. В русских говорах и тюркских языках известно слово «бардак» — глиняный кувшин или горшок с широким горлом. Чередование конечных г/к в фамилии (Бардаг-ов вместо Бардак-ов) — результат исторических изменений в языке, когда глухой звук озвончался перед гласным. В таком случае Бардаг — это прозвище гончара, мастера по изготовлению посуды.

Есть и третья версия, менее вероятная, но тоже имеющая право на существование. В русском языке есть слово «барда» — мутный напиток, остатки от перегонки хлебного вина. Если прозвище Бардаг связано с ним, то предок мог заниматься винокурением или производством браги. Однако эта гипотеза слабее двух первых: прямое слово «барда» не даёт характерного суффикса -аг, который есть в эвенкийском и тюркском вариантах.

Фамилия Бардагов — нечастая. Её морфология проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Бардага»), а сама основа осталась в виде прозвища без дополнительных русских уменьшительных суффиксов. Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и, скорее всего, давалось взрослому человеку по характерному признаку — месту жительства или ремеслу.