Фамилия Башкаев принадлежит к распространённому в Поволжье и на Северном Кавказе типу фамилий на -ев. Если смотреть на словообразовательную модель, суффикс -ев указывает на происхождение от имени или прозвища, оканчивающегося на мягкий согласный или на -й. Таким образом, в основе фамилии лежит слово «Башкай» — так могли называть человека в быту.

Корень «башк-» почти наверняка восходит к тюркскому слову «баш» — голова, глава, верховный. В татарском, башкирском, кумыкском и других тюркских языках «баш» означает и голову, и начальника, и вершину. Прозвище Башкай могло достаться человеку с большой или заметной головой, либо тому, кто занимал руководящую должность — старосте, старшему в роду, предводителю. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с этнонимом «башкир», но для неё нет надежных доказательств, так как фамилии от названий народов обычно оформляются иначе.

Самый редкий и показательный элемент фамилии — суффикс -ай. В тюркских языках этот аффикс образует ласкательные или уменьшительные имена и прозвища. То есть Башкай — это не просто «голова», а скорее «головушка» или «главный, но свой, домашний». Такая форма характерна для старых татарских и башкирских имён, которые потом переходили в фамилии.

Географически фамилия Башкаев встречается прежде всего среди татар, башкир, а также у кумыков и ногайцев. В русских архивных документах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались в Казанской, Оренбургской и Уфимской губерниях. Носители фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — толмачами, казаками, мелкопоместными дворянами из татарских мурз. Точных данных о сословной принадлежности всех Башкаевых нет, но ясно одно: предок нынешних носителей фамилии носил прозвище Башкай, и в нём слышалось уважение к его уму, положению или просто внешности.