Фамилия Башканов — один из тех случаев, когда два совершенно разных корня могли дать одинаковое звучание, и география подсказывает, какой вариант вероятнее для конкретной семьи.

Основная версия ведет к мордовскому (эрзянскому) слову «башка» — «отдельный, единичный» или «башкань» — «особенный». Прозвище Башкан могли дать человеку, который жил наособицу: на выселке, на отшибе или просто держался обособленно. Словообразовательная модель проста: основа Башкан + типичный русский суффикс принадлежности -ов, означающий «сын Башкана» или «из рода Башкана». Этот вариант убедительно подтверждается географией: фамилия до сих пор встречается в Сызрани и Поволжье — в зоне расселения мордвы-эрзи и мокши.

Вторая версия — русифицированная молдавская или гагаузская фамилия Башкан. В тюркских и молдавском языках başkan означает «глава, председатель». В современной Гагаузии (автономия на юге Молдавии) башкан — высшее должностное лицо, которому подчиняются все органы власти. В прошлом так могли называть главу селения или совета. Если предки Башкановых были выходцами с юга, из Бессарабии или с Украины, скорее всего, фамилия имеет именно этот корень и указывала на высокое положение родоначальника.

Вероятнее всего, существуют две омонимичные фамилии. Те Башкановы, что живут в Поволжье, скорее всего, потомки мордовского «особняка». Те же, чьи корни на Украине или в Молдавии, — потомки «главы» или «председателя».