Фамилия Батунины — это типичная русская фамилия, образованная от личного прозвища или мирского имени Батун. Её основа — древнерусское слово «бат», означавшее «дубинка, колотушка». Скорее всего, прозвище Батун давали крепкому, сильному человеку, которого сравнивали с увесистым орудием. В этом же значении слово «бат» существует и в монгольском языке, где оно означает «сильный, крепкий», что делает возможным и тюркское происхождение прозвища.

Однако есть и другая, бытовая версия, связанная с северными говорами. На Русском Севере «батом» называли долблёную лодку с боковыми брусьями, на которой рыбачили по озёрам. В таком случае прозвище Батун мог получить лодочник, тот, кто их мастерил, или помор, промышлявший именно на батах. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в архангельских и олонецких краях, где такой тип судов был распространён.

Менее убедительно связывать фамилию с луком-батуном — это растение появилось в русском обиходе позже и дало прозвища скорее огородникам, но такая гипотеза существует. В любом случае, суффикс -ин указывает на принадлежность: Батунин — это «сын Батуна» или «человек из рода Батуна». Фамилия фиксируется в документах с XVII века, но точную дату и место её возникновения назвать сложно — процесс становления русских фамилий был долгим и шёл в разных слоях населения неодинаково.