Фамилия Байдугнов — редкая и интересная с точки зрения словообразования. Её основа, судя по всему, тюркская, а русский суффикс -ов указывает на то, что фамилия была русифицирована и закрепилась в документах уже после крещения или в ходе административного учёта. Разберём её по частям.

Корень «Байдугн» — это искажённое или адаптированное на русской почве тюркское составное имя. Первая часть «Бай» в тюркских языках означает «богатый», «знатный», «господин» (ср. казахское, татарское, башкирское «бай»). Вторая часть, «дугн», скорее всего, восходит к тюркскому слову «туг» или «туғ» — «знамя», «бунчук» (воинский штандарт из конского хвоста). В таком случае исходное имя Байтуг (или Байдуг) означало бы «богатое знамя» или «знатный стяг» — прозвище воина, знаменосца, либо человека, чей род отличался воинской доблестью. Переход «т» в «д» (Байтуг → Байдуг) — характерная черта озвончения в русской речи, когда глухой согласный между гласными становится звонким для удобства произношения.

Суффикс -н- в основе (Байдугн-ов) может быть остатком тюркского притяжательного аффикса (-нын, -ның) или просто наращением, облегчающим произношение для русского уха. В любом случае, фамилия образована по классической русской модели: к основе (прозвищу или имени Байдугн) добавили суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей?» — сын Байдугна»).

Географически фамилия Байдугнов встречается в Оренбургской области и Башкортостане. Это регионы, где исторически тесно переплетались русское и тюркское (башкирское, татарское) население. Скорее всего, предок носителя фамилии был башкиром или татарином, нёсшим военную или казачью службу (отсюда и имя-прозвище, связанное со знаменем), а затем его потомки перешли в православие и получили фамилию по отцу.

Альтернативная, но менее вероятная версия связывает «дугн» с монгольским «дуга» (маленький) — то есть «маленький бай», но это противоречит семантике «бая» как «богатого» и не объясняет появления суффикса -н-. Версия со знаменем выглядит убедительнее, так как хорошо вписывается в военно-служилый контекст Поволжья и Приуралья.