Фамилия Байдуйсенова — редкий случай, когда почти всё в ней говорит о восточных тюркских корнях, и разбирать её удобнее с конца. Формант «-ова» — женский вариант, а мужская основа Байдуйсенов образована по стандартной модели «основа + -ов», что для русской паспортной системы означает «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Байдуйсен.

Ключ к смыслу — в основе «Байдуйсен». Это сложное имя, типичное для казахской или близкой к ней тюркской антропонимии. Первая часть «Бай» — один из самых частых компонентов в тюркских именах, означает «богатый», «знатный», «обильный» или служит усилителем (как «очень»). Вторая часть — «дуйсен» — скорее всего, вариант имени Дүйсен, которое восходит к персидскому «ду-шанбе» — «понедельник». У казахов и других тюркских народов было распространено давать детям имена по дню недели рождения: Дүйсен (понедельник), Сейсен (вторник), Сәрсен (среда) и так далее. Соответственно, Байдуйсен можно перевести как «Богатый (счастливый) понедельник» или «Великий понедельник» — имя-пожелание, чтобы ребёнок, родившийся в этот день, жил в достатке.

С точки зрения географии, фамилия Байдуйсенова почти наверняка указывает на казахское происхождение. В самой Казахстанской ономастике такие сложные имена с «Бай» и днём недели встречаются нередко, хотя в русскоязычной записи они могли искажаться — например, вместо «Байдүйсенов» писали «Байдуйсенов». Второй возможный, но менее вероятный вариант: «дуйсен» могло быть искажением арабского «Дин» (вера) или другого корня, но привязка к дню недели выглядит логичнее и подтверждается множеством параллельных фамилий (Байсейсенов, Байсарсенов).

Сословно фамилия не несёт следов дворянства или духовенства — это типичная «народная» фамилия, возникшая среди кочевого и полуоседлого населения. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды скотоводов или крестьян, где имя по дню рождения было практичным и понятным без записи в метрики. Встретить Байдуйсенову можно преимущественно в Казахстане и прилегающих регионах России (Оренбургская, Астраханская области), а также среди диаспор.

Если коротко: фамилия Байдуйсенова — это «дочь/потомок того, кого назвали Богатым Понедельником». В ней нет тайного смысла или заимствований из славянского мира — это чистый образец тюркского именослова, адаптированный к русской паспортной форме.