Фамилию Байгушев образовали от тюркского имени или прозвища Байгуш. Прямое значение этого слова — «филин», но в оренбургских говорах так называли обнищавшего кочевника, нищего из «инородцев». Поэтому у фамилии как минимум две версии происхождения: по одной, предок получил имя в честь птицы, по другой — прозвище по бедственному социальному положению. В Астрахани байгушем называли ещё и отдалённый маленький хутор, так что возможна и третья версия: прозвище дали по месту жительства.

Словообразовательная модель проста: к основе Байгуш добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Байгушев). Так фамилия вписалась в русскую антропонимическую систему, сохранив при этом восточный корень. В XV–XVII веках, когда такие фамилии активно закреплялись, носителями тюркских имён часто были выходцы из Золотой Орды, печенеги или половцы, поступавшие на русскую службу. Многие из них становились дворянами, поэтому восточное происхождение фамилии Байгушев — не редкость, а отражение реальных исторических процессов.

Спорных версий здесь немного: основное расхождение — между «птичьим» и «социальным» значением слова «байгуш». Правдоподобнее выглядит прозвищная версия, связанная с бедностью: такие прозвища в тюркской среде давали часто и они легче переходили в фамилии. Однако имя в честь филина тоже не исключено — у тюрков были распространены «птичьи» имена, и филин как ночная птица мог символизировать бдительность или мудрость.

Фамилия редкая, сосредоточена преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — в регионах, где исторически смешивались русское и тюркское население. Встречается и в форме Байгушевы (множественное число, указывающее на род). О конкретных известных носителях в открытых источниках данных мало, что неудивительно для фамилии, не попавшей в массовые дворянские родословные книги.

Фамилия Байгушев — пример того, как тюркское слово, пройдя через русскую фамильную модель, сохранило память о прозвище, социальном статусе или географическом объекте, давшем имя целому роду.