Фамилия Байгушев образована от тюркского мужского имени Байгуш, которое в переводе означает «филин». Однако слово «байгуш» употреблялось и в оренбургском диалекте в значении «нищий из кочевых инородцев, обнищавший киргиз». Поэтому в основе фамилии Байгушев может лежать прозвище, указывавшее на социальный статус предка. Кроме того, в Астрахани байгушем называли отдаленный маленький хутор. В связи с этим, не исключено, что прозвище Байгуш было связано с местом жительства основателя рода.