Фамилия Байказаков — один из тех случаев, где корень сразу выдает восточное, тюркское происхождение. В её основе лежит имя Байказак. Это сложное слово, где первая часть «бай» (в тюркских языках — богатый, господин, уважаемый человек) соединяется со второй частью «казак». Слово «казак» в тюркском мире имело несколько значений: от «вольный человек», «воин» до «скиталец» и, конечно, этнонима — «казах». Поэтому имя Байказак могло означать «богатый казах», «уважаемый вольный человек» или «господин-воин». Это личное мужское имя, от которого по обычной русской модели образована фамилия с суффиксом -ов: Байказаков, то есть «сын Байказака».

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась уже в русской среде, скорее всего, при записи в документы. Носители фамилии — это потомки человека по имени Байказак, который жил в зоне контакта русских и тюркских народов. Такие фамилии характерны для казахов, татар, башкир, ногайцев, а также для тех родов, что переходили на русскую службу или жили в смешанных регионах (например, в Оренбуржье, на Урале, в Астраханской губернии). Фамилия редкая, и её география, скорее всего, привязана к южным степным областям.

Интересно, что в отличие от более частых фамилий на -ев или -ин, здесь сохранилась прозрачная тюркская основа. Слово «казак» в составе имени не стоит путать с русским словом «казак» (воин, член общины). Хотя со временем, при русификации, эти значения могли накладываться друг на друга, исходный смысл имени — именно тюркский, связанный со свободным статусом или этнической принадлежностью. Встречаются варианты написания с одной буквой «з» — Байказаков, что верно, и ошибочное Байкозаков, которое искажает корень.