Фамилия Баймаганбетова — это женская форма фамилии Баймаганбетов, которая имеет абсолютно прозрачную тюркскую (вероятнее всего, казахскую) этимологию. Она не изменилась под влиянием русской модели склонения, как это произошло со многими фамилиями на -ов/-ин, а сохранила исходную структуру сложного имени. Разбирать её нужно целиком, а не по частям, как типичную русскую фамилию.

Основа фамилии — мужское личное имя Баймаганбет. В нём два корня: «бай» (в тюркских языках — «богатый», «господин», «князь») и «маганбет» — это казахский вариант арабского имени Магомет (Мухаммед). В буквальном переводе имя означает «богатый, как Магомет» или «богатство Магомета». Учитывая, что Мухаммед — пророк и почитаемая фигура, имя несло пожелание богатства, удачи и силы, сравнимой с пророческой.

Формант -ова в конце — это русский патронимический суффикс, который в XIX–XX веках массово добавляли к тюркским фамилиям при русификации документов. Однако в отличие от русских фамилий, где -ов указывает на отчество (сын такого-то), здесь он просто оформляет фамилию по русскому образцу. В своей среде носители фамилии могли бы записываться как Баймаганбет, без окончания. Таким образом, Баймаганбетова — это «дочь/жена того, кого зовут Баймаганбет», хотя по сути это фамилия, закреплённая за родом.

Географически фамилия почти наверняка происходит из Западного Казахстана или северных областей Казахстана, граничащих с Россией (Актюбинская, Западно-Казахстанская, Костанайская области). Именно в этих регионах активно шёл процесс русификации фамилий через добавление -ов/-ова, при этом сохранялась полная тюркская основа. В самой казахской среде фамилия могла выглядеть как Баймаганбет, без суффикса, или в виде Баймаганбетов с усечением конечного согласного.

С точки зрения социального статуса, предки носителей фамилии, скорее всего, не относились к высшей аристократии (султанам или торе), так как в их имени нет родового титула. Слово «бай» в имени указывает на зажиточного скотовода или уважаемого общинника, но не на княжеский титул. Это имя было популярно среди простых казахов-скотоводов, которые давали детям имена с пожеланием богатства и божественного покровительства.

В русской ономастике эта фамилия стоит особняком: она не вписывается в славянскую модель ни по корню, ни по звучанию. Её носители — это потомки казахов, которые в XIX–XX веках получили паспорта с русским окончанием, но сохранили родовое имя в неизменном виде.