Фамилия Баймаганбетов — одна из тех, что безошибочно указывает на казахское происхождение. Ее основа — сложное мужское имя Баймаганбет, которое в тюркских языках буквально означает «богатый (бай) и досточтимый (маганбет)». Вторая часть имени восходит к арабскому «Мухаммад» через форму «Маганбет» или «Мамбет» — так в казахской среде адаптировали имя пророка. Получается, что полное имя переводится как «богатый, как Мухаммад» или «обладатель богатства и достоинства».

Русский суффикс -ов в конце фамилии — чисто грамматический. Он появился, когда в XIX–XX веках русские чиновники и писцы при составлении метрических книг и переписей добавляли к тюркским именам стандартное окончание, чтобы вписать их в систему русских фамилий. Так Баймаганбет стал Баймаганбетовым — по модели «чей?» — то есть «сын Баймаганбета».

Словообразовательная модель здесь двойная. Сначала тюркское сложение двух корней (бай + маганбет), затем русский суффикс принадлежности. Подобные фамилии — Баймуратов, Баймухамбетов, Баймагамбетов — встречаются в Казахстане и среди казахов в России, особенно в Оренбургской, Астраханской областях и в Западной Сибири, куда в XVIII–XIX веках переселялись кочевые роды.

Социально предки носителя фамилии вряд ли принадлежали к высшей знати (султанам или торе), но имя «бай» указывает на зажиточность. Скорее всего, основатель рода был уважаемым скотоводом или старшиной аула, человеком, чье слово имело вес. В казахской среде такие имена давали, желая мальчику не только богатства, но и нравственного авторитета.

Встречается также вариант написания с буквой «г» в середине — Баймагамбетов. Оба варианта возможны, так как в казахском произношении звук на стыке может озвончаться или выпадать. Но исходная форма — именно через «н»: Баймаганбет, где «ган» — усилительная частица со значением «большой, настоящий».