Фамилия Баймурзины образована от мусульманского мужского имени Баймурза — типичного для тюркоязычных народов составного антропонима. Первая часть имени, «Бай», переводится с тюркского как «богатый», вторая — «Мурза» восходит к титулу «мурза», что означает «князь». Таким образом, имя Баймурза буквально значит «богатый князь», и фамилия Баймурзин — это буквально «потомок Баймурзы».

Фамилия закрепилась по патронимической модели с русским суффиксом -ин, который присоединялся к основам на -а. Схема простая: имя Баймурза → Баймурзин сын → со временем фамилия Баймурзин. Встречается и вариант Баймурзины во множественном числе, обозначающий род или семью.

Искать корни фамилии стоит в регионах традиционного расселения тюркских народов — среди татар, башкир, казахов. В документах фамилия фиксируется с XIX века. Например, в Книге памяти Восточно-Казахстанской области записан рабочий Баймурзин Абдулла, 1906 года рождения, из села Жарсу Зайсанского района Семипалатинской губернии.

Самый известный носитель фамилии — Гаяз Исламетдинович Баймурзин (1913–1948), Герой Советского Союза, майор, заместитель командира эскадрильи в Великую Отечественную войну. Его биография — одно из немногих документально подтверждённых звеньев, связывающих фамилию с конкретным человеком.

Фамилия Баймурзин — памятник исламской культуры и тюркской антропонимической традиции. Но точное время и место её возникновения для каждой конкретной ветви можно установить только через углублённые генеалогические разыскания: процесс формирования фамилий у разных народов шёл неравномерно и не всегда привязан к одной местности.