Фамилия Бебяков образована от прозвища Бебяк, которое, скорее всего, происходит от тюркского слова bebek, что в переводе на русский язык означает «грудной ребенок, младенец». Скорее всего, Бебяком родители ласково называли своего малыша. Также слово bebek имеет значение «кукла». В таком случае Бебяком могли прозвать мастера по изготовлению кукол и других детских игрушек. Таким образом, потомок человека, которого звали Бебяк, со временем получил фамилию Бебяков.