Фамилия Бедякин образована от прозвища или нецерковного имени Бедяка. В русской ономастике это слово связывают с диалектным глаголом «бедякать» — говорить вздор, болтать пустое, либо с прилагательным «бедякий» (в некоторых говорах — неловкий, неуклюжий). Таким образом, Бедякой могли назвать человека болтливого, несерьёзного в речах или, напротив, нескладного в движениях. Вряд ли прозвище было оскорбительным — в крестьянской среде такие именования давали по заметной черте характера или поведения, не вкладывая в них резко негативного смысла.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бедякин — «сын Бедяки» или «из семьи Бедяки». Модель типична для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов. Интересно, что основа Бедяк- встречается реже, чем однокоренные Беда, Бедов, Бедичев, и это делает фамилию более локальной. Вероятно, её очаг — вятские или пермские говоры, где слово «бедяка» фиксируется в диалектных словарях.

Вторая, менее вероятная версия выводит Бедякина из тюркского имени Бидак или Бедак (от «бий» — князь, господин) с последующей адаптацией в русской среде. Но для этого нет убедительных доказательств: фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов, а в исторических документах XVI–XVII веков Бедякины встречаются среди крестьян и посадских людей, а не служилых татар. Поэтому версия с прозвищем остаётся основной.

Сословно фамилия не была аристократической. В ревизских сказках и переписных книгах Бедякины — чаще всего государственные или помещичьи крестьяне, реже мещане. Фамилия не получила широкого распространения за пределами нескольких уездов, что характерно для прозвищных фамилий, не привязанных к известному роду или профессии.

Сегодня Бедякины живут в основном в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии — там, где и зародилось прозвище. Встречаемость низкая, что делает фамилию хорошим маркером регионального происхождения.