Фамилия Бегалинов — один из тех случаев, когда географическая привязка и этнический состав предков просматриваются почти сразу. Её основа — тюркское мужское имя Бегали, распространённое у казахов, киргизов, каракалпаков и отчасти у татар. Сложено оно из двух частей: «бег» (бек) — ‘господин, князь, правитель’ и «али» — ‘возвышенный, великий’ (арабское заимствование). В сумме имя можно перевести как ‘великий господин’ или ‘князь, возвышенный Аллахом’. Русская фамилия образована по типовой модели: к основе Бегали прибавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Бегали»). Фонетический переход «и» в «инов» вместо ожидаемого «ев» (Бегалиев) объясняется тем, что суффикс -ов присоединился напрямую к полной форме имени, без усечения конечного гласного, что для тюркских имён в русской записи не редкость.

Интересно, что фамилия Бегалинов почти не встречается за пределами Казахстана и прилегающих регионов России (Астраханская, Оренбургская области). Это указывает на относительно позднее оформление фамилии — скорее всего, во второй половине XIX — начале XX века, когда началась массовая фиксация тюркских имён в метрических книгах и переписях. До этого носители имени Бегали обходились без фамилий, используя отчества по отцу и родовые прозвища. Вариант Бегалиев (с суффиксом -ев) существует и встречается чаще, но Бегалинов — более архаичная форма, сохранившая исходное звучание имени без адаптации под русскую грамматику.

В ономастике нет единого мнения, считать ли Бегалинов чисто патронимической фамилией (от имени отца) или же в некоторых случаях она могла возникнуть как прозвище по предку, носившему титул «бег» при имени Али. Вторая версия менее вероятна: имя Бегали в тюркской среде было полноценным личным, а не описательным прозвищем. Социальный состав носителей фамилии — преимущественно крестьянское и скотоводческое население степных регионов, среди казахов фамилия не указывала на аристократическое происхождение, несмотря на «княжеский» компонент в корне. Точных данных о древности рода или известных исторических фигурах с этой фамилией в открытых источниках нет.