Фамилия Бектаева — женская форма от мужской Бектаев. Её основа — тюркское имя Бектай, которое складывается из двух частей: «бек» (господин, князь, правитель) и «тай» (жеребёнок, детёныш). В тюркской ономастике «тай» часто выступает как ласкательный или уменьшительный суффикс, придающий имени оттенок «маленький, младший». Таким образом, Бектай — это «маленький бек» или «княжич», то есть младший сын знатного рода, наследник.

Модель образования фамилии — типичная для русского языка адаптация тюркских имён: к основе Бекта- (усечённая форма от Бектай) добавляется русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Бектаев). В женском варианте появляется окончание -а. Такая схема была распространена в XVI–XIX веках, когда татарская, башкирская, казахская знать и служилые люди переходили в русское подданство и получали фамилии по имени отца.

Географически фамилия Бектаева чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди казахов. В среде казахов фамилия могла возникнуть и без русского суффикса, как отчество Бектайулы (сын Бектая), но при записи в метриках российскими чиновниками её русифицировали.

Стоит упомянуть, что имя Бектай не было редким — оно фиксируется в документах XVII–XVIII веков среди служилых татар и башкир, нёсших сторожевую службу на юго-восточных рубежах России. Поэтому предки современных Бектаевых могли быть не только потомками знати, но и рядовыми воинами или ясачными крестьянами, получившими фамилию по имени деда или отца.

В написании фамилии возможны варианты: Бектаев (мужской) и Бектаева (женский), ударение в большинстве говоров падает на второй слог — Бектáев. Альтернативная версия, возводящая фамилию к арабскому слову «бекет» (счастье, благость), менее убедительна, так как словообразовательная модель с суффиксом -тай в тюркских языках слишком устойчива, чтобы её игнорировать.