Фамилия Бекташев образована от тюркского мужского имени Бекташ. Это имя составное: «бек» означает «господин, хозяин», а «таш» — «камень». Вместе они дают значение «крепкий камень» или «твердый, как кремень». Такое имя было обрядовым: его давали мальчикам с пожеланием, чтобы ребенок рос крепким и несгибаемым, как скала. По сути, это древний оберег-пожелание, заложенный в имя.

Русская фамилия Бекташев появилась по типичной для XIX–XX веков модели: к основе имени Бекташ прибавили русский патронимический суффикс -ев, который указывал на принадлежность («чей?» — Бекташев, то есть сын Бекташа). Так фамилия вписалась в общероссийский ономастикон, не потеряв тюркских корней.

Стоит отметить, что имя Бекташ было распространено у многих тюркских народов — от татар и башкир до ногайцев и казахов. Поэтому географически фамилия Бекташев встречается не только в Татарстане и Башкортостане, но и в Поволжье, на Урале, а также среди кавказских тюркоязычных групп. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фигурируют Бекташевы из казанских и уфимских губерний — чаще всего среди государственных крестьян и мещан, реже в купеческом сословии.

В отличие от многих фамилий, где суффикс -ев указывает на чисто русское происхождение, здесь мы видим гибрид: тюркское имя + русский фамильный формант. Это характерный признак того, что носитель фамилии (или его ближайший предок) жил в среде, где пересекались две языковые и культурные традиции. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Бекташев стоит в одном ряду с Бекташовым (с другим суффиксом) и более редкой формой Бекташин.

Встречается и вариант написания через «а» — Бакташев, но он связан с диалектными особенностями произношения (аканье) и не меняет этимологии. В любом случае, основа одна: пожелание твердости и господской силы, зашифрованное в имени предка.