Фамилия Белагин образована от прозвища Белага. Слово «белага» в прошлом имело значение «обеленный» — так называли крестьянина или посадского человека, освобождённого от податей и повинностей («обелённого»). Прозвище могло указывать на особый социальный статус предка: он или его род получили налоговый иммунитет от князя или царя.

Само прозвище Белага построено с помощью старославянского суффикса принадлежности –аго (–его). Эта модель встречается в древнерусских именованиях (например, Долгаго, Чернаго) и восходит к родительному падежу прилагательного: «белого» в значении «сын белого». Появление конечного «а» вместо «о» (Белага, а не Белого) объясняется влиянием произносительной нормы русского языка — так звучало имя в живой речи, а потом закрепилось на письме.

Основой для фамилии послужила именно форма Белага, от которой с помощью патронимического суффикса -ин образовали Белагин. Потомок человека по прозвищу Белага со временем получил фамилию Белагин, что буквально означает «сын Белаги». Фамилия относится к древнему пласту русских прозваний, зафиксированных в северных и центральных регионах России, где была распространена «обелённая» земля.