Фамилия Бельдюгин — пример того, как прозвище, данное человеку, со временем закрепилось за его родом. В основе фамилии лежит слово «бельдюга». В русской ономастике это прозвищная фамилия, образованная с помощью типичного фамильного суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Бельдюгин», то есть сын или потомок Бельдюги.

Самая прямая и очевидная версия связывает прозвище с названием рыбы — бельдюги. Эта рыба известна своей изворотливостью и живучестью, а также необычным способом размножения: она живородящая. Ареал бельдюги широк — от Ла-Манша до Мурмана и Белого моря, включая Балтийское море. Вдоль Мурманского побережья её почти не промышляли из-за предрассудков: считалось, что нельзя есть рыбу, которая «щенится» (рождает живых мальков), к тому же её кости при варке зеленеют, что вызывало недоверие. Исходя из этого, прозвище Бельдюга могли дать либо опытному рыбаку, либо человеку, который не боялся нарушать бытовые запреты. Реже прозвище могли получить за характер — изворотливый, ускользающий от неприятностей.

Вторая версия, менее вероятная, отсылает к румынскому слову «beldie» — «жердь, шест, дубина». В этом случае Бельдюгой называли человека высокого, худощавого или физически крепкого. Есть и третий вариант: «beldie» означает «стебель», «бурьян», и прозвище могло указывать на место жительства — в зарослях бурьяна или у межи.

Фамилия Бельдюгин — редкая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, родоначальник жил в северных или северо-западных губерниях России, где бельдюга была известна, или же в местности, где бытовали заимствования из румынских говоров. Точное время возникновения фамилии установить сложно, но её модель (прозвище + -ин) характерна для XV–XVII веков.