Фамилия Беленикина — одна из тех, где за простой на первый взгляд основой скрывается сразу несколько версий, и выбрать единственную непросто. В центре внимания — прозвище Беленика, от которого и образована фамилия с помощью типичного русского суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Беленикин, то есть сын или потомок Беленики.

Самый очевидный пласт значений связан с корнем «бел-». На Руси такие прозвища давали по внешности: светлый, бледный, белокурый или седой человек. Но «белый» имело и переносный смысл — «милый, дорогой, чистый душой, незапятнанный». Это подтверждается народной мудростью: «Рубаха черна, да совесть бела», «Белые ручки чужие труды любят». В таком случае Беленика — человек с белой совестью или просто добрый, хороший.

Есть и социальная версия. В Московской Руси «обеленным» называли крестьянина или посадского человека, освобождённого от податей и повинностей. Прозвище Беленика могло закрепиться за таким «обельным» хозяином или его потомком. Это редкий, но вполне реальный вариант для фамилий, образованных от прозвищ, связанных с налоговым статусом.

Совсем иной поворот даёт глагол «белениться» — в старых говорах он означал «беситься, выходить из себя». Если прозвище пошло оттуда, то предок был человеком горячим, вспыльчивым, с крутым нравом. Такое объяснение менее распространено, но лингвистически возможно: звуковой переход от «белениться» к прозвищу Беленика прямой.

Фамилия встречается в центральных и северных областях России, но массовой не стала. Её женская форма — Беленикина — одна из тех, что закрепилась в документах именно в таком написании, а не в виде Беленикин, что говорит о поздней фиксации, когда женская форма уже воспринималась как фамильная.