Фамилия Беленина в её современном виде — это женская форма, а мужской вариант — Беленин. Она образовалась по простой и частой модели: основа имени или прозвища плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Белены). Вопрос в том, что скрывается за самой основой «Белена».

Самое очевидное и самое правдоподобное объяснение — связь с растением беленой. В народной среде это ядовитое сорное растение знали хорошо, и прозвище Белена могли дать человеку с неспокойным, «одурманивающим» характером или тому, кто занимался знахарством, травничеством. В словаре В. И. Даля слово «белена» имеет и переносное значение — «дурь, дурь, одурение». Прозвища по растениям вообще типичны для русских фамилий (Ромашка, Лопух, Крапивин), и Беленин вписывается в этот ряд.

Менее вероятная, но встречающаяся в ономастике версия — от диалектного слова «беленый» (выбеленный, отбеленный). В таком случае прозвище Белена могло относиться к человеку со светлыми, почти белыми волосами или к ткачу, белильщику холстов. Однако эта версия слабее: прилагательное «беленый» редко становилось прозвищем, в отличие от конкретного и яркого названия растения.

Фамилия Беленин — редкая, не входит в списки ста самых распространённых. Географически она встречается разрозненно, без явного гнезда в одной области, что говорит о её позднем закреплении и, скорее всего, о единичном прозвище, а не о массовом образовании. По сословной принадлежности носители могли быть крестьянами или мещанами — в дворянских родословных книгах фамилия не отмечена.

Таким образом, предок современных Белениных, вероятнее всего, получил прозвище за связь с травой беленой — либо по занятию, либо по нраву. Второй вариант — за внешность или ремесло — остаётся на правах гипотезы, но менее убедительной.