Фамилия Белогубка — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив уменьшительно-ласкательный суффикс -к-. Такая модель образования (основа прилагательного + -к(а)) характерна для украинских, белорусских и южнорусских прозвищ, которые затем закреплялись как фамилии. В русской традиции фамилии на -ка чаще встречаются у выходцев с запада и юга России, чем из центральных областей.

Основа фамилии прозрачна: «белые губы». Прозвище Белогубка могли дать человеку с заметной особенностью внешности — очень светлыми, бледными губами или, наоборот, с белым налётом на губах (что в старину связывали с болезнью или просто с необычным цветом кожи). В некоторых говорах слово «губа» означало не только часть лица, но и гриб (например, подгубник), однако для фамилии Белогубка это значение маловероятно — прилагательное «белый» в прозвищах чаще указывало на цвет волос, кожи или одежды.

В отличие от фамилий Белогуров или Белогубов, где суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Белогуба»), форма Белогубка напрямую наследует прозвищное имя. Такие фамилии нередко давали в среде казачества и крестьянства, где прозвища были живыми и неформальными. В реестре Войска Запорожского встречаются похожие по типу прозвища (например, Белозуб, Белоус), так что Белогубка могла возникнуть и в украинской среде.

Фамилия встречается крайне редко. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, основные очаги — западные области Украины и юг России, что подтверждает её западнорусское или украинское происхождение. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем письменном закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по их уличным прозвищам.

Спорных версий у фамилии практически нет: корень слишком ясен, чтобы искать альтернативы. Единственное, что можно добавить: в редких случаях «губка» могло быть искажением слова «губь» (гриб), но для фамилии с прилагательным «белый» это натяжка. Правдоподобнее всего — внешняя примета, бросившаяся в глаза односельчанам.