Фамилия Белогубкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с цветом губ, а с говором или внешностью. Вопреки первому впечатлению, «белые губы» — это не про бледность от холода или болезни. В русских говорах «белогубым» или «белогубом» могли назвать человека с тонкими, маловыразительными губами, но чаще — того, кто говорит невнятно, «губасто» или, наоборот, слишком мягко, «бело», то есть не по-деревенски. Встречается и версия о связи с местной кличкой «Белогубка» — так в некоторых областях называли светлую, белёсую корову или лошадь с белым пятном на морде, но для фамилии человека такое прозвище маловероятно, разве что в насмешку.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Белогубкин — значит «сын Белогубки» (или Белогуба). Окончание -ин типично для фамилий, образованных от слов женского рода (на -а/-я) или от прозвищ с таким окончанием. В данном случае исходное прозвище было, скорее всего, Белогубка — уменьшительно-пренебрежительная форма от Белогубый. Суффикс -к- добавлял оттенок просторечия или указание на конкретного человека с таким недостатком речи.

Фамилия явно недворянская и не духовного сословия (там преобладали бы формы на -ский). Белогубкины — это бывшие крестьяне или мещане, скорее всего, из центральных или северных губерний России, где фамилии на -ин особенно распространены. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: прозвище могло закрепиться в одной деревне или волости, а потом разойтись по окрестностям.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму с полногласием «-губ-», а не «-губь-» (как было бы в «Белогубькин»). Это указывает на старое, устоявшееся прозвище, которое не подгоняли под книжные нормы. Если искать родственные фамилии, то Белогуров, Белозубов, Белозёров — все они построены по той же модели: цвет + часть тела или деталь внешности, но Белогубкин стоит особняком из-за неочевидного смысла «губ». В словаре Веселовского или Унбегауна прямых упоминаний нет, но типологически фамилия вписывается в ряд прозвищ, данных за манеру говорить или смеяться.