Фамилия Белугин образована от прозвища Белуга. В основе лежит название крупной промысловой рыбы семейства осетровых. Это одна из тех фамилий, где за простым, на первый взгляд, «рыбным» корнем стоит сразу несколько возможных историй предка.

Самая прямая версия — прозвище дали рыбаку или торговцу, который специализировался на ловле и продаже белуги. Для жителей приречных областей, где водилась эта рыба (например, бассейн Волги, Каспий), такое занятие было привычным и заметным. Но называли Белугой не только по ремеслу.

Белуга — рыба исключительная: самая крупная среди осетровых, отдельные особи достигают нескольких метров и живут до ста лет. Поэтому прозвище могло отражать внешность человека. Дородного, рослого, крупного мужчину в деревне могли прозвать Белугой за сходство с массивной рыбиной. Вторая возможность — возраст: Белугой могли называть старца, дожившего до глубокой старости, подчёркивая его долголетие и почтенный возраст.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на -а добавился притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Белуги». По типу она совпадает с фамилиями Волгин (от Волга), Щукин, Ершов. Стоит заметить, что в русском языке существует и фамилия Белугов — с суффиксом -ов, которая могла возникнуть от той же основы, но в форме Белуг без окончания -а. Белугин же чётко указывает на прозвище в именительном падеже единственного числа.

Иногда в интернете встречается версия, что фамилия связана с названием кита белуха. Это маловероятно: белуха — морское млекопитающее, не имевшее широкого хозяйственного значения для русского крестьянства, в отличие от осетровой белуги, которая была и промысловой рыбой, и ходовым товаром. Лингвистически и исторически версия с рыбой выглядит убедительнее.