Фамилия Белугин — из тех, что построены по древней и простой модели: прозвище плюс суффикс принадлежности -ин. Суффикс указывал на конкретного человека: «чей?» — Белугин, то есть сын, потомок или человек из семьи Белуги. Основа здесь — прозвище Белуга, которое давали по разным причинам.

Самое прямое объяснение — связь с рыбой белугой, крупнейшей из осетровых. Белуга могла достигать нескольких метров в длину, весить больше тонны и жить до ста лет. Поэтому прозвище Белуга получали не только рыболовы или торговцы рыбой, но и люди с заметной внешностью: рослые, дородные, грузные. А ещё — старики, дожившие до глубокой старости, ведь долгожительство белуги было известно на Руси. В народном сознании рыба ассоциировалась с мощью и редкостью, так что прозвище звучало весомо.

Фамилии на -ин в основном закрепились в северных и центральных русских землях, в среде крестьян и посадских людей. Белугины, скорее всего, происходят из тех слоёв, где прозвища были живыми и бытовыми — их давали в деревне или в рыбацкой слободе и передавали детям как фамилию уже к XVII–XVIII векам. Точных дат и мест по фамилии Белугин в открытых источниках нет, но, судя по корню, это не поздняя искусственная фамилия, а естественно сложившееся родовое имя.

Интересно, что фамилия могла писаться двояко: в старых документах встречается и Белугин, и Белюгин (через «ю»), что связано с местным произношением. Встречаются и однокоренные фамилии — Белугов, Белугинский, но они гораздо реже. Белугин остаётся самым устойчивым вариантом, сохранившим прямую связь с прозвищем.