Фамилия Бенедикт — один из тех случаев, когда русская по форме фамилия восходит напрямую к личному имени, а не к прозвищу или профессии. В основе лежит каноническое крестильное имя Венедикт (от латинского benedictus — «благословенный»). В русской традиции имя закрепилось в двух вариантах: церковнославянском «Венедикт» и простонародном, западнорусском «Бенедикт». Фамилия, записанная через «е», скорее всего, указывает на юго-западное происхождение рода — территории современной Украины, Белоруссии или влияние польского языка, где форма Benedykt была обычной.

Модель образования предельно проста: фамилия представляет собой застывшее полное имя без какого-либо суффикса. Это так называемые «семинские» или «польские» фамилии, характерные для духовенства и шляхты. Священник, носивший имя Бенедикт, мог получить фамилию прямо по имени, без добавления -ов или -ин. В крестьянской среде такая бессуффиксная форма встречается реже: обычно к имени добавляли суффикс принадлежности (Бенедиктов, Бенедиктин). Поэтому фамилия Бенедикт нередко указывает либо на выходца из духовного сословия, либо на человека, чей предок был католиком или униатом, где имя Бенедикт было распространено шире, чем в православной среде.

С точки зрения социального контекста, это фамилия, которая могла принадлежать как образованному священнику, так и обедневшему шляхтичу. В России XIX века носители фамилии Бенедикт встречались преимущественно среди мещан и купцов западных губерний, а также в среде духовенства. Известен, например, случай, когда в семинарии будущему священнику давали фамилию по имени святого, в день памяти которого он родился или был крещён, — так фамилия Бенедикт могла появиться у человека, не имевшего прямого родства с кем-то по имени Бенедикт.

В современном русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Бенедикт), и склоняется как существительное второго склонения, если речь о женщине (Анна Бенедикт). Написание с буквой «е» в первом слоге отличает её от более частого варианта Венедиктов. Ударение, как правило, падает на последний слог: Бенеди́кт.