Фамилия Бенедыко — редкий случай, когда польское написание застыло в русской передаче, а её носители почти наверняка происходят из западнорусских земель или Беларуси. В основе лежит латинское имя Benedictus («благословенный»), которое дало в польском языке форму Benedykt. Суффикс -ко указывает на уменьшительно-ласкательное или патронимическое значение: Бенедыко — это «маленький Бенедыкт» или «сын/потомок Бенедыкта». Такая модель типична для украинской, белорусской и польской ономастики, где -ко, -ка, -ук закреплялись как фамильные окончания.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые образуются от полной формы имени, Бенедыко сохраняет следы живой речи: прозвище или дворовое имя давали по отцу, не переделывая его в притяжательное прилагательное. Если бы фамилия формировалась в великорусских землях, она звучала бы как Бенедиктов. Сохранение польского написания с «ы» (Benedyko вместо Benedikto) говорит о том, что предки принадлежали к католической или униатской среде, где имя Бенедыкт было распространено через костёл.

Географически фамилия встречается в Гродненской, Брестской областях Беларуси и в Подляшье (Польша), реже — на Волыни. Социальный контекст: чаще всего это были крестьяне или мелкая шляхта, поскольку фамилии на -ко в Речи Посполитой нередко закреплялись за однодворцами и «околичной» шляхтой, не имевшей герба. В XIX веке, при унификации фамилий в Российской империи, написание Бенедыко могли зафиксировать как есть — без русификации, что и объясняет её современный вид.

Спорных версий происхождения здесь практически нет. Единственная альтернатива — связь с литовским корнем (benediktas — то же имя), но это лишь меняет язык-посредник, не затрагивая сути. Фамилия прозрачна: она буквально означает «потомок благословенного» и не требует сложных этимологических реконструкций.