Фамилия Бенкина образована от имени Бенка — это не отдельное имя, а сокращённая, домашняя форма крестильного мужского имени Вениамин. Имя Вениамин древнееврейского происхождения, в переводе оно означает «сын любимейшей из жен» (в библейском контексте — младший сын Иакова и Рахили). В русской традиции такие уменьшительные имена, как Бенка, часто давали в быту, а уже от них по модели «чей?» — Бенкин — закреплялась фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бенкина буквально значит «дочь (или жена) Бенки», но в качестве родового прозвания закрепилась женская форма, которая в русском языке нередко сохраняется в документах без изменения по полу носителя.

Скорее всего, основатель рода Бенкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды — такие фамилии на -ин, образованные от просторечных имён, редко встречались у дворянства. Фамилия не слишком распространена, её географические корни стоит искать в центральных или южных регионах России, где имя Вениамин бытовало в народной форме Бенка. Интересно, что в некоторых говорах Бенкой могли называть не только Вениамина, но и человека с каким-то особым прозвищем — например, от диалектного «бенькать» (звенеть, брякать), но эта версия менее вероятна, так как связь с церковным именем прослеживается чётче.

Таким образом, фамилия Бенкина — это типичный пример того, как полное и торжественное библейское имя превратилось в повседневное прозвище, а затем закрепилось за целым родом. Потомок человека по имени Бенка со временем и получил эту фамилию.