Имя Бенко является краткой формой мужского имени Бенедикт. Оно происходит от латинского benedictus, что в переводе на русский язык означает «благословенный», по другой версии – «тот, о ком хорошо говорят». Скорее всего, основатель рода Бенковских был человеком из простого сословия. Со временем род Бенковских переехал на территории Украины или Польши, где и произошла трансформация фамилии путем добавления суффикса -ский.