Фамилия Беньковский образована по типичной для польских, украинских и белорусских земель модели с суффиксом -ский/-цкий. Эта модель изначально указывала на принадлежность к местности или родовому поместью, отвечая на вопрос «откуда?» или «чей?». В основе фамилии лежит имя или прозвище Бенько.

Самая вероятная версия связывает Бенько с украинской формой канонического имени Вениамин. В переводе с древнееврейского Вениамин означает «сын десницы, то есть правой руки» — иносказательно «сын любимой жены». Имя вошло в обиход через христианскую традицию, а его уменьшительная форма Бенько была широко распространена в украинской и польской среде. Соответственно, Беньковский — это потомок Бенька, владелец или житель хутора, названного по имени основателя.

Менее убедительна версия, выводящая прозвище Бенько от глагола «бенькать» (бренчать, звенеть). Сторонники этой гипотезы предполагают, что так могли прозвать плохого или назойливого музыканта. Однако прозвища, образованные от звукоподражательных глаголов, редко ложатся в основу фамилий на -ский, которые тяготеют к топонимическому значению. Вероятнее, что прозвище Бенько (если оно не от Вениамина) имело другое, не дошедшее до нас значение или было связано с диалектным словом.

Фамилия Беньковский встречается в документах Речи Посполитой, что указывает на шляхетские корни части носителей. В то же время многие крестьяне и мещане получали такие фамилии по названию деревни или местечка, где жили. Например, в исторических источниках упоминается село Беньково на территории современной Беларуси — его жители и могли стать Беньковскими. Окончательно выяснить, связан ли конкретный род с дворянством или с крестьянским переселением, можно только через глубокие генеалогические изыскания.