Фамилия Беньковская — вариант украинской фамилии Беньковский, и её происхождение стоит рассматривать с двух разных сторон. Первая и самая вероятная версия ведёт к крестильному имени Вениамин. В украинской народной среде это имя превратилось в Бенько — по той же модели, что, скажем, Ивась от Иван или Петрусь от Пётр. Имя Вениамин в переводе с древнееврейского означает «сын десницы, то есть правой руки», а иносказательно — «сын любимой жены». От этого Бенько с помощью суффикса -овск-/-евск- и образовали фамилию, которая затем получила «женское» окончание -ая.

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, связывает основу Бенько с глаголом «бенькать» — то есть «бренчать». В этом случае прозвище Бенько мог получить плохой музыкант, который не столько играл, сколько издавал нестройные, дребезжащие звуки. Такие прозвища по ремеслу или привычке давали охотно, и они легко закреплялись в фамилиях.

Окончание -ская типично для фамилий шляхетского происхождения, но в украинской и белорусской традиции его часто носили и крестьяне, и мещане, особенно на Правобережной Украине. Поэтому сословная принадлежность первых Беньковских неочевидна без конкретных генеалогических изысканий. Географически фамилия встречается в западных областях Украины и в пограничных с ней районах Беларуси.