Фамилия Беньковская относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Вениамин. Бенько – украинская форма еврейского имени Вениамин, которое в переводе на русский язык означает «сын десницы, т. правой руки», иносказательно – «сын любимой жены». Согласно другой версии, в основе фамилии Беньковский лежит прозвища Бенько, образованное от глагола «бенькать» - «бренчать». Возможно, так называл плохого музыканта. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Беньковских можно лишь на основании глубоких и серьезных генеалогических исследований.