Фамилия Бенько чаще всего — украинская народная форма крестильного имени Вениамин. В переводе с древнееврейского Вениамин означает «сын десницы, то есть правой руки», а иносказательно — «сын любимой жены». В украинской среде имя прошло через сокращение и адаптацию: от Вениамин к Беня, а затем с помощью патронимического суффикса -ко (указывающего на принадлежность, потомка) закрепилось как Бенько. Такой тип образования — от разговорной формы имени через суффикс -ко — типичен для западных и центральных областей Украины, где фамилия встречается чаще всего.

Существует и вторая, менее распространённая версия. Она возводит основу к глаголу «бенькать» — бренчать, издавать звенящие звуки. В таком случае прозвище Бенько могли дать плохому музыканту или человеку, который постоянно что-то «бенькал», стучал, гремел. Эта версия объясняет фамилию через характер деятельности или привычку предка, но уступает первой в распространённости и логике: большинство носителей фамилии сосредоточено в регионах, где имя Вениамин было популярно среди православных и греко-католиков.

Словообразовательная модель проста: основа Бень- + суффикс -ко. В украинской ономастике суффикс -ко выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин, — указывал на сына или потомка человека, названного в основе. То есть Бенько буквально означает «потомок Бени» (Вениамина). В польском языке аналогичная модель дала фамилию Беньковский, а в русском — Беньков.

Сословно фамилия не была закреплена за шляхтой или крестьянством: её носителями могли быть и казаки, и мещане, и духовенство. В реестрах Запорожского войска и метрических книгах XVIII–XIX веков Бенько встречается как рядовая фамилия без указания на привилегированное происхождение. Сегодня она распространена на Украине (особенно в Тернопольской, Львовской, Ивано-Франковской областях), а также в Польше и среди украинской диаспоры. В России фамилия редкая и чаще всего связана с переселенцами с запада.