Фамилия Беньковские (в мужском роде — Беньковский) образована по типичной для польской, украинской и белорусской традиции модели: к основе Бенько- добавился суффикс -овск-/-евск-, указывающий на принадлежность к роду или месту. В итоге форма Беньковский означала «сын или потомок Бенька», а со временем закрепилась как фамилия.

Самая распространенная версия связывает основу Бенько с крестильным именем Вениамин. Бенько — это украинская и западнославянская уменьшительная форма этого древнееврейского имени, которое переводится как «сын десницы, то есть правой руки», а иносказательно — «сын любимой жены». В этом случае фамилия восходит к имени предка, которого в быту звали Бенько.

Есть и другая версия: прозвище Бенько могли дать человеку от глагола «бенькать» — то есть «бренчать», «издавать звенящий звук». Так могли прозвать плохого музыканта или просто любителя побренчать на каком-нибудь инструменте. Эта гипотеза менее популярна, но тоже имеет право на существование, особенно в среде ремесленников или сельских музыкантов.

Формирование фамилий на -ский активно шло в XIV–XVI веках среди шляхты и зажиточных крестьян на землях Речи Посполитой. Поэтому Беньковские, скорее всего, происходят из западнорусских областей — современной Украины, Беларуси или восточной Польши. Суффикс -ский часто указывал на владельческий статус или принадлежность к конкретному поселению, хотя в данном случае он мог просто передавать родовую принадлежность.

Итак, предки современных Беньковских могли быть либо потомками человека по имени Бенько (украинская форма Вениамина), либо выходцами из семьи, где кто-то получил прозвище за привычку «бенькать». Окончательно определить, какая из версий верна для конкретной ветви рода, можно только при углубленном генеалогическом исследовании с опорой на архивные записи.