Фамилия Бензя — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения, поэтому разбирать её стоит не с суффикса, а с самого корня. Основа «бенз-» в русской ономастике не встречается в массовых фамилиях, что сразу указывает на иноязычный или диалектный след.

Скорее всего, фамилия имеет польские или западноукраинские корни. В польском языке слово «będzie» (произносится «бендзе») означает «будет», а форма «Będzia» могла быть уменьшительным прозвищем от имени Бендыкта (польский вариант Венедикта). В украинских говорах встречается слово «бензя» — так могли называть вялого, медлительного человека или, наоборот, того, кто постоянно «бензиться» (капризничать, упрямиться). Вторая версия подтверждается тем, что фамилии с суффиксом -я (как Бензя) часто образовывались от прозвищ, описывающих характер.

По модели образования фамилия стоит особняком. Суффикс -я в русских фамилиях встречается редко и обычно указывает на украинское или белорусское происхождение (сравните: Мазепа, Голота, Бендя). В польской традиции фамилии на -я тоже не редкость, но там они чаще склоняются как существительные. Если бы фамилия была русской, мы бы ждали окончание -ов (Бензев) или -ин (Бензин), но этого не произошло. Значит, предки Бензи сохранили исходную форму прозвища без русификации.

Географически фамилия тяготеет к западным областям бывшей Речи Посполитой: современные Польша, Западная Украина, Беларусь. В дореволюционных метрических книгах Бензи встречаются в Волынской и Гродненской губерниях. Сословно это могли быть крестьяне или мещане — фамилия не несёт признаков дворянского герба или шляхетского окончания -ский.

Есть и гипотеза о немецком следе: в немецком «Benz» — это фамилия, известная по автомобилестроению (Карл Бенц). Но тогда русская адаптация дала бы скорее Бенцев или Бенцов, а не Бензя. Поэтому версия с польско-украинским прозвищем выглядит убедительнее: она объясняет и редкое окончание, и ареал бытования.