Фамилия Бера — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в её основу, имеет не бытовое, а почти гастрономически-ботаническое происхождение. В русском языке «бера» (также «берре», «бэра») — это не имя и не ремесло, а особый класс груш, известный своей сочной, тающей во рту мякотью. Слово происходит от французского beurré («маслянистый»), но, вопреки внешней логике, указывает не на жирность, а на консистенцию: плод буквально тает, как масло. В русской садоводческой традиции такие груши называли «масляными» или «масляновками».

Вероятнее всего, прозвище Бера получил любитель этих груш или садовод, который их выращивал. В XIX веке лучшие французские сорта класса Бера — например, «Бере Боск» или «Бере Арданпон» — с успехом разводили на юге России, в Крыму и на западе Украины, где климат позволял получать превосходные плоды. Человек, прославившийся своими грушами или пристрастием к ним, легко мог стать «Берой» в глазах соседей.

Фамилия не имеет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин), что указывает на её относительно позднее закрепление — скорее всего, в среде мещан или крестьян южных губерний, где сохранялись прозвища в чистом виде. По той же модели образованы фамилии Груша, Слива, Вишня, но Бера стоит особняком: это не просто название фрукта, а узкий сортовой термин, понятный только в контексте садоводства.

Встречается также вариант Бэрра — он ближе к французскому произношению и мог возникнуть у потомков обрусевших иностранцев-садоводов. Спорных версий происхождения у фамилии практически нет: ни с древнееврейским словом «бера» (колодец), ни с тюркскими корнями она не связана — все они слабы и не подтверждаются географией бытования фамилии в России и Украине.