Фамилия Бердочников — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия в привычном смысле, а название инструмента, причём с диалектным оттенком. Прозвище Бердочник, от которого пошла фамилия, давали ткацкому мастеру. Ключевое слово здесь — «бердо». В русских говорах так называли деталь ткацкого станка: гребень или ремизку, через которую пропускали нити основы. Мастер, изготовлявший или налаживавший берда, и получал прозвище Бердочник.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — сын Бердочника). Менее вероятно, но возможно, что исходное прозвище Бердочко (с уменьшительным суффиксом -к-) дали человеку маленького роста или щуплому — в переносном смысле, по ассоциации с мелкой деталью станка. Однако версия с ремеслом выглядит убедительнее: ткачество было широко распространено, а мастер по бердам — фигура в деревне заметная.

В отличие от фамилий вроде Ткачёв или Пряхин, Бердочников завязана на узкую специальность. Она почти не встречается в центральных областях России, но зафиксирована в регионах с развитым домотканым промыслом — на Урале, в Вятке, в Поволжье. Там, где бердо называли не «бердом», а «бердышком» или «бердечком», и фамилия могла принять форму Бердышников, но вариант с «о» остался основным.

Историки фамилий, например, Б. Унбегаун, относят подобные названия к группе «профессиональных прозвищ», которые закрепились за родом занятий, а не за личным именем. При этом фамилия осталась редкой: в дореволюционных переписях Бердочниковы встречаются единично, что говорит о локальном бытовании прозвища. Носитель этой фамилии может с высокой долей вероятности считать, что его предок был ремесленником-ткачом, причём не рядовым, а специализировавшимся на оснастке станка.