Фамилия Бердогужинова — редкий пример сложения двух основ, где каждая несёт самостоятельный смысл. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имени или прозвища с помощью суффикса, здесь мы имеем дело с составной конструкцией, которая сразу выдаёт тюркское происхождение. Основа «Бердо-» восходит к тюркскому «берды» — «дал», «дарованный». Вторая часть «-гужинова» — вариант фамилии Гужин, которая, в свою очередь, происходит от тюркского имени Гужа или прозвища, связанного с понятием «сила», «могущество» (ср. казахское «күш» или башкирское «көс»). Или же от «гуж» — род занятий, связанный с упряжью, возницей. Суффикс «-ов/-ин» в конце указывает на русскую модель оформления фамилии: «чей?» — потомок того, кто был Бердогужиным.

Таким образом, Бердогужинова — это фамилия-патроним, построенная по принципу «сын такого-то», но исходное имя было двусоставным. Скорее всего, предок носил составное личное имя Бердогужа, что можно перевести как «Богом данный силач» или «Дарованный могучий». Такие имена были распространены у тюркских народов (казахов, башкир, татар) и несли пожелательный смысл: родители надеялись, что ребёнок вырастет сильным и удачливым.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением, где происходила активная русификация имён. Вероятнее всего, носители фамилии живут в Оренбургской, Челябинской областях, Башкортостане или Казахстане. В дореволюционных метрических книгах такая фамилия могла записываться по-разному: Бердогужин, Бердогожин, Бердыгужин — вариативность объясняется передачей тюркских звуков кириллицей. Женская форма на «-а» — не редкость для русских фамилий, но здесь она, скорее всего, закрепилась при фиксации в паспортной системе, когда женщину записывали по отцу или мужу с окончанием, свойственным русскому языку.

С точки зрения социального статуса, предки Бердогужиновых вряд ли относились к дворянству. Составные тюркские фамилии чаще встречались у крестьян, казаков или торговцев, которые принимали православие и получали «русскую» фамилию от своего старого имени. В ревизских сказках XVIII–XIX веков такие фамилии почти не попадаются — они массово фиксировались лишь после отмены крепостного права, когда крестьянам начали выдавать документы.