Фамилия Бердужева — женская форма мужской фамилии Бердужев. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или имени Бердуж. Здесь ключевой элемент — корень «берд-», который в тюркских языках может означать «дал» (от глагола «бермек» — давать). В таком случае Бердуж — это сокращённая форма составного имени вроде Бердыбай или Бердымурат, где первая часть означает «данный (Богом)» или «подаренный». Такие имена были распространены у народов, исповедующих ислам, как благодарственная или обережная формула.

Суффикс «-уж» в этой фамилии встречается редко. Он мог образоваться в результате адаптации тюркского окончания при заимствовании в русскую среду, либо это диалектная огласовка более привычного «-ыш» или «-иш». Встречаются параллельные формы: Бердушев, Бердыев. Фамилия Бердужева явно тяготеет к южным регионам — Поволжье, Северный Кавказ, Приуралье, где исторически сильны тюркские языки (татарский, башкирский, кумыкский, ногайский).

Словообразовательная модель проста: к основе «Бердуж» добавили русский патронимический суффикс «-ев» (вариант «-ов» после мягкого согласного), указывающий на принадлежность: «сын Бердужа». Окончание «-а» в женском варианте не меняет смысла — это форма, указывающая на жену или дочь Бердужева.

В дореволюционной России носители фамилии, судя по корню, скорее всего, относились к крестьянскому или казачьему сословию. Дворянских родов Бердужевых не зафиксировано. Фамилия не частотная, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от конкретного родоначальника в одном селе или ауле. Сегодня она встречается в основном на юге России и в Казахстане, что подтверждает её тюркские корни и позднюю русификацию.