Фамилия Берекенов — редкий случай, когда основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — русский, что указывает на давние контакты народов. Суффикс -ов — стандартный русский патронимический формант, означающий «чей?», «сын кого?». Вся фамилия образована по модели «личное имя + -ов», что типично для русских фамилий, но с нехарактерной для славян основой.

Корень фамилии — Берекен. Здесь возможны две версии происхождения, и обе ведут в тюркские языки. Первая и самая прямая: имя Берекен могло быть вариантом имени Береке (от тюркского «благодать», «изобилие», «благословение»). В казахском и татарском языках слово «береке» означает достаток, согласие, благополучие. Прибавление уменьшительного или ласкательного аффикса -н даёт форму Берекен — «маленький достаток», «благодатный». Вторая версия, более спорная: связь с каракалпакским или ногайским именем Береке (с тем же значением), которое в русской записи могло получить окончание -н при адаптации.

Географически фамилия Берекенов встречается почти исключительно в регионах, где исторически соседствовали русские и тюркские народы: в Астраханской области, в Калмыкии, в Казахстане (особенно в Западно-Казахстанской и Атырауской областях). Это указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека, который носил тюркское имя, но попал в русскую среду (например, при крещении или при переписи населения). Сословно это могли быть казаки, крестьяне-однодворцы или служилые татары.

Интересная деталь: в русских документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться как Берекеновъ, а в дореволюционных метрических книгах встречается вариант Берекенов без мягкого знака. В советское время написание закрепилось без «ъ». Сравнение с однокоренными фамилиями Берекеев, Берекей показывает, что основа «береке» в русских фамилиях — не редкость, но именно форма с конечным -н (Берекен) встречается реже и, видимо, отражает диалектное произношение или конкретный местный антропоним.

Таким образом, фамилия Берекенов — это «сын Берекена», а сам Берекен, скорее всего, человек, которому дали имя со значением «благодать», «достаток». В русской среде это имя превратилось в фамилию, сохранившую память о тюркском корне.