Фамилия Беркисов образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени через притяжательный суффикс -ов. Основа здесь — Беркис. Вопрос в том, что это слово означало.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них корень «берк» означает «крепкий», «сильный», «твёрдый». Такое качество могло стать прозвищем физически крепкого или упрямого человека. В татарском, башкирском, казахском языках слово «берк» (или «бәрк») встречается в именах и прозвищах. Вторая часть — «-ис» — могла быть уменьшительным или адаптированным окончанием при заимствовании в русскую речь. Таким образом, Беркис — это тюркское по происхождению прозвище, которое затем русифицировали с помощью суффикса -ов, получив фамилию Беркисов.

Версия о происхождении от полного личного имени Беркис менее убедительна. В православных святцах такого имени нет, а в дохристианских славянских именах этот корень не встречается. Если бы фамилия была образована от канонического имени, она бы звучала иначе (например, от Варфоломей — Варфоломеев). Поэтому тюркский след — основной.

Географически фамилия Беркисов редкая. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически были сильны тюркские влияния и где русские фамилии часто вбирали в себя местные прозвища. В дореволюционных списках мещан и крестьян Казанской, Оренбургской и Тобольской губерний можно найти единичные упоминания носителей этой фамилии. Сословно предки Беркисовых, скорее всего, были государственными или экономическими крестьянами, реже — мещанами.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Беркисов). Это типичный пример фамилии, где тюркская основа органично прижилась в русской грамматике. Сравните с однокоренными, но более распространёнными фамилиями Берков, Беркутов — у них та же семантика «силы» или «орла» (беркут), но другое оформление.

Фамилия Беркисов не имеет отношения к греческому или латинскому языкам, несмотря на внешнее сходство с некоторыми европейскими именами. Её корни — в кочевой культуре степей, где прозвище «крепкий» давали не в насмешку, а как характеристику.