Фамилия Беркинова — женская форма, а мужская — Беркинов. В её основе лежит имя или прозвище Беркин, а то, в свою очередь, образовано от тюркского корня «берк» (крепкий, прочный, надёжный). В тюркских языках слово «берк» (или «бек») могло входить в состав имён как показатель силы и знатности. Поэтому исходное прозвище Беркин, скорее всего, давали человеку с твёрдым характером или физически сильному.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Беркинов — буквально «сын Беркина» или «из рода Беркина». В русской фамильной модели этот суффикс характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Здесь же основа на -ин, что типично для адаптации тюркских имён в русской среде (сравните: Ахмет — Ахметов, но Берке — Беркин). Сама фамилия могла появиться там, где русское население контактировало с тюркскими народами: в Поволжье, на Урале, в Сибири или в Средней Азии.

Версия о происхождении от слова «беркут» (хищная птица) менее вероятна. Беркут по-тюркски — «бүркіт» или «беркут», и фамилия от него звучала бы как Беркутов, а не Беркинов. Однако в диалектах возможна редукция гласных, поэтому полностью исключать эту версию нельзя, но она слабее.

Социальный статус первых носителей фамилии Беркинов мог быть разным. Среди тюркских народов «берк» — это не только качество, но и титул (бек, бий). Поэтому предок мог быть и рядовым общинником, получившим прозвище за силу, и человеком знатного происхождения, чьё имя закрепилось за потомками. В русских документах фамилия фиксируется в основном с XIX века, когда начался массовый учёт населения, и чаще всего встречается в регионах с татарским, башкирским или казахским населением.

Однокоренных фамилий немного: Беркин, Беркеев, Беркутов. Отличаются они суффиксами и корневыми вариантами. Беркинова стоит особняком из-за редкого сочетания тюркского корня с русским фамильным суффиксом -ин, что выдаёт давнюю ассимиляцию носителей в русскоязычной среде.