Фамилия Берник произошла от прозвища, которое восходит к старинному слову «берно» — «бревно». Скорее всего, Берником называли человека, связанного с обработкой или перемещением брёвен: лесоруба или того, кто занимался сплавом леса по реке. По другой версии, прозвище могло отражать внешность или характер — так могли прозвать коренастого, дюжего мужчину либо, наоборот, человека малоподвижного, тяжёлого на подъём.

Слово «берно» — общеславянского происхождения, родственное древнерусскому «бьрвьно» и современному «бревно». Суффикс -ик в фамилии указывает на лицо по действию или свойству: Берник — тот, кто имеет отношение к берну. Такая словообразовательная модель типична для русских прозвищных фамилий, которые закреплялись за человеком без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). То есть фамилия Берник могла остаться в исходной, «прозвищной» форме, без перехода в патроним.

Фамилия редкая и встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине, что может говорить о её западнорусском или украинско-белорусском происхождении. В польском языке есть слово «bernik» — «беркут», но для русской фамилии эта версия менее вероятна: звучание и география указывают скорее на связь с «берно». В ономастических работах фамилию Берник нередко относят к группе «лесных» или «плотницких» прозвищ, наряду с Бревновым, Берновым, Берниковым.