Фамилия Бернотене — редкий пример того, как западноевропейское имя, пройдя через локальные языковые фильтры, закрепилось в виде фамилии, нехарактерной для славянской среды. Её основа — именование Бернот, одна из народных форм имени Бернард. Само имя Бернард восходит к древневерхненемецкому Bernhard, где корень ber(n) означает «медведь», а hard — «смелый, сильный, храбрый». Таким образом, исходное значение фамилии — «потомок того, кого прозвали Медвежьей отвагой» или «сын Бернота».

Ключевая деталь, на которую стоит обратить внимание, — суффикс -ене. В русской ономастике такая модель нетипична. Этот суффикс прямо указывает на литовское или жемайтийское происхождение фамилии. В литовском языке фамилии с окончанием -ėnas (в русской передаче — -ен(е)) образуются по модели «сын такого-то» (ср. лит. Bernotėnas — «сын Бернота»). Поэтому Бернотене — это не исходная форма, а скорее русифицированный вариант литовской фамилии Bernotėnas.

Имя Бернард в средневековой Европе было одним из самых распространённых, особенно в Германии и Нидерландах. Его популярность подкрепил святой Бернард Ментонский, основавший в Альпах монастырь, где странники находили приют. Позже в честь этого монастыря назвали горный перевал Сен-Бернар и породу собак-спасателей (сенбернаров). Однако в православных святцах имени Бернард нет. Это означает, что предок, носивший такое имя, а затем передавший его потомкам в виде фамилии, исповедовал католицизм. География подсказывает, что род Бернотене сформировался на территории Великого княжества Литовского, среди литвинов-католиков, где немецкое имя Бернхард через польское посредничество (польск. Bernard) дало местную форму Bernotas, а от неё — фамилию Bernotėnas.

Таким образом, фамилия Бернотене — не случайный заимствованный звук, а точный маркер: она говорит о литовском корне, католическом вероисповедании предка и о том, что в основе фамилии лежит германское имя со значением «сильный, как медведь».