Фамилию Берсенев (в исходном вопросе — Берсенйов, но исторически и орфографически верно через «е») чаще всего связывают с древнерусским мирским именем Берсень. В старых словарях оно означает «крыжовник». Имя было нередким: давая его ребёнку, родители верили, что природа примет мальчика как своего и передаст ему стойкость и жизненную силу, присущие колючему кустарнику. Отсюда и фамилия, образованная по стандартной модели через суффикс притяжательности -ев: сын Берсеня стал Берсеневым.

Существует и вторая, менее популярная версия — татарское происхождение. По ней, в основе лежит слово «берйсень» (шиповник) или оборот «бер сан» («ты один»). Татарская гипотеза менее состоятельна, поскольку фамилия рано и прочно закрепилась именно в русской служилой среде, а не в тюркской. Ономастический словарь Б. Унбегауна, например, уверенно относит фамилию к группе «растительных» мирских имён, не давая тюркских параллелей.

Известен дворянский род Берсеневых, восходящий к XVI веку. Его основоположником считается Иван Никитич Берсень-Беклемишев — думный дворянин в княжение Василия III. Само прозвище Берсень в этом роду было семейным: Беклемишевы часто носили двойные фамилии, где первая часть указывала на личное прозвище. В документах также упоминаются Берсенев Иван — служилый человек в 1568 году в Казани и Берсенев Пётр — дьяк Иноземного приказа в 1686–1689 годах.

Показательно, что фамилия почти не встречается в крестьянской среде и за редким исключением была либо дворянской, либо посадской. Это отличает её от множества «растительных» фамилий (Малинин, Вишневский), которые встречались во всех сословиях. Берсеневы — пример фамилии, где за бытовым, на первый взгляд, именем стоит конкретная историческая династия с известными по разрядам и приказам людьми. Исходное имя Берсень, таким образом, из простого прозвища стало родовым знаком, сохранившимся в документах на протяжении нескольких столетий.