Фамилия Берзун — редкая и неочевидная для носителя русского языка. На первый взгляд она кажется «неправильной» или иноязычной, но её происхождение, скорее всего, чисто восточнославянское, хотя и нестандартное по форме.

Ключ к разгадке — финальное -ун. В русском языке этот суффикс образует имена деятелей от глаголов: говорун (от «говорить»), бегун (от «бегать»), крикун. То есть Берзун — это человек, который «берзет». Но что означает глагол «берзеть»? В диалектах русского языка, особенно в южных и западных регионах (в курских, орловских, брянских говорах), слово «берзеть» или «берзнуть» означало «киснуть», «портиться», «скисать» (о молоке) или «гнить», «преть» (о сене, о воде). В переносном смысле так могли сказать о вялом, кислом, недовольном человеке. Таким образом, прозвище Берзун могли дать человеку с кислым выражением лица, брюзге, либо же тому, кто занимался заготовкой чего-то, что могло «берзнуть» (например, квашением или сыроварением, хотя это менее вероятно).

Вторая, менее распространенная версия, выводит фамилию из тюркских языков. В ряде тюркских наречий «берз» (или «бериз») означает «дающий», «щедрый». Однако эта версия слабее: во-первых, суффикс -ун для русского уха выглядит естественно, а для тюркского — нет (там были бы формы вроде Берзев или Берзов). Во-вторых, фамилия Берзун не фиксируется как массовая в регионах с сильным тюркским влиянием (Татарстан, Башкирия), что говорит в пользу её славянской диалектной основы.

Фамилия образовалась по стандартной модели: прозвище Берзун перешло в фамилию без дополнительного суффикса (так называемые «нулевые» фамилии, как Звон, Шум). Это характерно для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где отсечение суффикса -ов было нормой. Поэтому географически Берзуны, скорее всего, происходят из западнорусских или украинско-белорусских земель. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её узкодиалектное, местное происхождение — она не разнеслась по всей стране, а осталась в пределах той местности, где слово «берзеть» было в ходу.