Фамилия Бешкирев — редкий случай, когда прозвищная основа угадывается без труда, а вот её точное значение остаётся открытым. В основе лежит слово «бешкир» или «бешкер». Самая прямая версия отсылает к тюркскому «беш» — «пять». «Бешкир» могло означать «пятёрка»: так в тюркоязычной среде могли прозвать человека, у которого было пятеро детей, пятеро братьев или который чем-то выделялся в пятёрке — например, был пятым сыном. В русских говорах слово «бешкир» не зафиксировано, поэтому фамилия явно возникла на стыке культур, скорее всего, на южных или восточных окраинах России, где русское население тесно контактировало с тюрками.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «бешкерить» (говорить вздор, болтать). В этом случае Бешкир — прозвище болтуна или пустомели. Но у этой гипотезы слабая опора: глагол редкий, локальный, а фамилия встречается шире, чем мог бы распространиться такой говор. Поэтому тюркская версия с числительным «пять» выглядит убедительнее.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Бешкирев — сын Бешкира. Формант -ев, а не -ов, ставится после мягких и шипящих согласных, что естественно для основы на -р. Фамилия фиксируется в основном в Поволжье и на Урале — в регионах, где веками жили рядом русские, татары и башкиры. География подтверждает контактное происхождение.

Социальный состав носителей, скорее всего, был смешанным: прозвище Бешкир могли дать и крестьянину, и отходнику, и служилому человеку. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено — это фамилия простых людей, и её редкость говорит о том, что прозвище не превратилось в массовое, а осталось локальным.