Фамилия Бетер — редкий случай, когда исходное слово не славянское, а немецкое. Она восходит к немецкому Beter — «богомолец», «молящийся». Слово образовано от глагола beten (молиться) и в немецком языке могло быть как прозвищем набожного человека, так и профессиональным именованием — так в немецкоязычных землях могли называть священника или монаха, чья жизнь состояла из молитв.

В русской среде фамилия закрепилась без суффикса — Бетер, а не Бетеров или Бетерин, что нетипично для восточнославянских фамилий. Такая «голая» форма без прибавления -ов/-ев или -ин часто встречается у фамилий, пришедших из немецкого, польского или идиша, и указывает на позднее оформление или на то, что фамилию принесли переселенцы.

Поскольку фамилия Бетер довольно часто встречается на Украине, можно предположить, что её принесли туда носители идиша. В еврейской среде немецкое Beter легко осмыслялось как прозвище для очень религиозного человека или для раввина. Исходя из этого, основатель рода Бетер мог быть украинским евреем и, возможно, еврейским священником (раввином) либо просто человеком, известным своей набожностью.

Другие версии менее убедительны. Связь с тюркским батыр («богатырь», «воин») маловероятна из-за разницы в звучании: тюркское «а» в первом слоге и конечное «р» против немецкого «е» и «r». Также нет оснований выводить фамилию из голландского или скандинавских языков — немецкое происхождение объясняет и географию, и форму проще и логичнее.

Фамилия Бетер — это, скорее всего, не прозвище по ремеслу в привычном смысле, а указание на образ жизни или духовный сан. Предок носителя мог быть человеком, для которого молитва была главным делом.