Фамилия Бикушев — редкий случай, когда географическая привязка проясняет происхождение быстрее, чем разбор корня. Если посмотреть на карту расселения носителей, основная масса Бикушевых сосредоточена в Башкортостане и соседних регионах — Оренбургской, Челябинской областях. Это сразу указывает на тюркскую, скорее всего башкирскую, основу.

Корень фамилии — личное имя Бикуш. В тюркских языках, в частности в башкирском и татарском, оно составное: «би» (бек, князь, господин) и «куш» (птица, обычно сокол или беркут). Таким образом, имя Бикуш можно перевести как «князь-птица» или «господин-сокол». Это типичная для кочевых народов образная характеристика: сравнение с хищной птицей подчеркивало смелость, зоркость и благородство. Встречается и более прозаичная версия: «би» как усилительная частица и «куш» — «пара», «двойня», то есть имя могли дать второму из двойни.

Фамилию образовали по русской модели с суффиксом -ев, который в тюркских фамилиях чаще всего присоединялся к основам на мягкий согласный или на -ш. В отличие от фамилий на -ов, где на конце твердый согласный (например, Бикулов), Бикушев сохранил мягкость основы. Вариант написания с -ев, а не с -ин, тоже характерен: суффикс -ин обычно получали фамилии от основ на -а/-я, а здесь основа мужского имени.

Родственные фамилии — Бикулов, Биккушев, Бикбулатов — построены по тому же принципу: первая часть «бик» или «би» указывает на знатное происхождение или уважение. В документах XIX века Бикушевы встречаются среди башкир-вотчинников и тептярей — сословия, платившего ясак, но не владевшего землей на правах вотчины. То есть предки Бикушевых не были ни крепостными, ни кочевой знатью, а скорее свободными общинниками, несшими повинности в пользу государства.

Сама фамилия фиксируется в метрических книгах Оренбургской губернии с середины XIX века, и написание практически не менялось: это говорит о том, что фамилия сложилась уже после введения обязательных паспортов, когда русские писцы записывали звучание на слух, но уже по устоявшейся модели.