Фамилия Билькуева — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, скорее всего, с башкирским или татарским. В основе лежит мужское имя Билькуй (Билкуй, Билькуа), которое представляет собой сложное слово: первая часть «бил» (биль) означает «знающий, сведущий, мудрый», а вторая «куй» (куй, кой) — «пастух» или «хранитель». Таким образом, имя-прозвище Билькуй можно перевести как «мудрый пастух» или «знающий хранитель». В тюркской среде такие составные имена с компонентом «биль» не редкость, они подчёркивали ум и опыт человека.

Суффикс «-ев» в окончании фамилии — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность. Билькуева буквально означает «дочь (или жена) Билькуя». Мужской вариант фамилии — Билькуев. Географически фамилия тяготеет к Урало-Поволжскому региону, чаще всего встречается у башкир и татар, а также у потомков тех, кто перешёл в православие и получил фамилию по отцу. Сословно носители фамилии могли быть как из крестьян, так и из служилых людей (например, тептярей или башкир-вотчинников), но однозначно судить по одной фамилии нельзя.

Интересная деталь: в некоторых говорах и диалектах башкирского языка слово «куй» могло означать не только «пастух», но и «овца», что даёт вторую, менее вероятную, версию: «знаток овец» — то есть человек, разбирающийся в овцеводстве. Однако первая версия с «пастухом» звучит убедительнее, так как подчёркивает не столько занятие, сколько личное качество — мудрость в деле. В любом случае, в основе фамилии лежит не случайное прозвище, а осмысленное имя, данное человеку с уважением к его опыту.